（1）防塵光學元件表面落入灰塵，不僅顯微鏡影響光線通過，而且經光學系統放大後，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。注意保持顯微鏡的清潔。
（2）防潮光學鏡片就容易生霉、生霧。機械放大鏡零件受潮後，容易生鏽。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干燥劑。
（3）防熱避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。因此，生物顯微鏡要放置在干燥陰涼、無塵、無腐蝕的地方。使用後，要立即擦拭干淨，用防塵透氣罩罩好或放在箱子內。當顯微鏡閑置時，用塑料罩蓋好，並儲放在望遠鏡干燥的地方防塵防霉。將物鏡和目鏡保存在干燥器之類的容器中，並防些干燥劑。
（4）防腐蝕顯天文望遠鏡微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等金相顯微鏡。
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